Allt biomedicinskt avfall som ska autoklaveras måste först placeras i en godkänd och märkt autoklavpåse. Vassa föremål som nålar och skalpeller måste placeras i en godkänd, märkt behållare för vassa föremål innan de steriliseras. Placera inte vassa pipetter eller trasigt glas i påsen. Detta avfall bör placeras i lådor eller hinkar och autoklaveras eller steriliseras med ett flytande steriliseringsmedel som 10 % natriumhypoklorit. Biomedicinskt avfall som ska steriliseras i en autoklav måste ha en indikator som bevisar att avfallet har autoklaverats innan det kan kasseras. Många autoklavpåsar kommer med en indikator som visar "AUTOKLAV" när steriliseringscykeln är klar. Indikatorer måste appliceras på lådor och fat innan de autoklaveras och placeras i soptunnan. Potentiellt smittsamt avfall ska vara märkt "biohazard" och ha en biohazard-etikett fäst på behållaren. Vid sterilisering av icke-farliga material som t.ex. djurföremål, odlingsmedia och laboratorieutrustning i en steril miljö räcker det med omärkta enkla behållare.
Före start bör cirka 50 ml – 100 ml vatten placeras i autoklavpåsen för att underlätta ångbildning i påsen. Om detta vatten finns naturligt i lasten finns det inget behov av att tillsätta ytterligare vatten. Autoklavpåsar bör vara väl inslagna för att förhindra spill om de inträffar. Men om tejpen lindas för hårt kan ångtryck byggas upp inuti påsen, vilket gör att den brister. Dubbla inte dina soppåsar. Autoklavpåsar är designade för att vara genomsläppliga för ånga, men en dubbelpåse kommer att förhindra att ånga strömmar genom påsen. Överfyll inte påsen eller autoklavera eftersom dåligt ångflöde kan störa steriliseringsprocessen. Det är bäst att inte lägga påsen direkt i autoklaven. De ska placeras på brickor av rostfritt stål eller polypropen.
Vid autoklavering av vätskor, fyll inte behållaren till mer än 75 %. Detta kommer att säkerställa att vätskan har utrymme att expandera när den värms upp. Eftersom användningen av ånga tillsteriliseravätskor kan vara problematiska, det är bäst att använda kemiska medel för att sterilisera flytande avfall om möjligt. Om forskare väljer att använda ånga för att sterilisera vätskor måste behållaren som innehåller vätskan klara autoklavförhållanden. Borosilikatglas eller polypropenbehållare kan användas. Se till att lossa locket på behållaren för att bygga upp tryck under processen. Under autoklavering, placera alltid lösa glasföremål och vätskebehållare i sekundära behållare. Bär tjocka, värmebeständiga handskar, skyddsglasögon och ett gummiförkläde när du tar bort vätska från autoklaven. För vätskebelastningar måste autoklavens avluftningscykel ställas in mycket långsamt. Detta ger vätskan tid att svalna under 100 grader, så att den inte kokar när trycket minskar. När körningen är klar, öppna långsamt luckan och backa tills ångan har tömts ut.
